菌落計(jì)數(shù)儀可協(xié)助操作者計(jì)數(shù)菌落數(shù)量。通過放大，拍照，計(jì)數(shù)等方式準(zhǔn)確的獲取菌落的數(shù)量。有些高性能的菌落計(jì)數(shù)器還可連接電腦完成自動(dòng)計(jì)數(shù)的操作。有了菌落計(jì)數(shù)器這種儀器，用戶就不必為這項(xiàng)復(fù)雜的操作費(fèi)心了，它可廣泛應(yīng)用在每個(gè)生物實(shí)驗(yàn)室中。菌落計(jì)數(shù)儀基本操作一般包括：樣品的稀釋--傾注平皿--培養(yǎng)48小時(shí)--計(jì)數(shù)報(bào)告。
    1．操作方法：培養(yǎng)到時(shí)間后，計(jì)數(shù)每個(gè)平板上的菌落數(shù)。可用肉眼觀察，必要時(shí)用放大鏡檢查，以防遺漏。在記下各平板的菌落總數(shù)后，求出同稀釋度的各平板平均菌落數(shù)，計(jì)算處原始樣品中每克（或每ml）中的菌落數(shù)，進(jìn)行報(bào)告。
    2．到達(dá)規(guī)定培養(yǎng)時(shí)間，應(yīng)立即計(jì)數(shù)。如果不能立即計(jì)數(shù)，應(yīng)將平板放置于0－4℃，但不得超過24h。
    3．計(jì)數(shù)時(shí)應(yīng)選取菌落數(shù)在30~300之間的平板（SN標(biāo)準(zhǔn)要求為25~250個(gè)菌落），若有二個(gè)稀釋度均在30~300之間時(shí)，按國家標(biāo)準(zhǔn)方法要求應(yīng)以二者比值決定，比值小于或等于2取平均數(shù)，比值大于2則其較小數(shù)字（有的規(guī)定不考慮其比值大小，均以平均數(shù)報(bào)告）。
    4．若所有稀釋度均不在計(jì)數(shù)區(qū)間。如均大于300，則取zui高稀釋度的平均菌落數(shù)乘以稀釋倍數(shù)報(bào)告之。如均小于30，則以zui低稀釋度的平均菌落數(shù)乘稀釋倍數(shù)報(bào)告之。如菌落數(shù)有的大于300，有的又小于30，但均不在30~300之間，則應(yīng)以zui接近300或30的平均菌落數(shù)乘以稀釋倍數(shù)報(bào)告之。如所有稀釋度均無菌落生長，則應(yīng)按小于1乘以zui低稀釋倍數(shù)報(bào)告之。有的規(guī)定對(duì)上述幾種情況計(jì)算出的菌落數(shù)按估算值報(bào)告。
    5．不同稀釋度的菌落數(shù)應(yīng)與稀釋倍數(shù)成反比（同一稀釋度的二個(gè)平板的菌落數(shù)應(yīng)基本接近），即稀釋倍數(shù)愈高菌落數(shù)愈少，稀釋倍數(shù)愈低菌落數(shù)愈多。如出現(xiàn)逆反現(xiàn)象，則應(yīng)視為檢驗(yàn)中的差錯(cuò)（有的食品有時(shí)可能出現(xiàn)逆反現(xiàn)象，如酸性飲料等），不應(yīng)作為檢樣計(jì)數(shù)報(bào)告的依據(jù)。
    6．當(dāng)平板上有鏈狀菌落生長時(shí)，如呈鏈狀生長的菌落之間無任何明顯界限，則應(yīng)作為一個(gè)菌落計(jì)，如存在有幾條不同來源的鏈，則每條鏈均應(yīng)按一個(gè)菌落計(jì)算，不要把鏈上生長的每一個(gè)菌落分開計(jì)數(shù)。如有片狀菌落生長，該平板一般不宜采用，如片狀菌落不到平板一半，而另一半又分布均勻，則可以半個(gè)平板的菌落數(shù)乘2代表全平板的菌落數(shù)。
    7．當(dāng)計(jì)數(shù)平板內(nèi)的菌落數(shù)過多（即所有稀釋度均大于300時(shí)），但分布很均勻，可取平板的一半或1/4計(jì)數(shù)。再乘以相應(yīng)稀釋倍數(shù)作為該平板的菌落數(shù)。
    8．菌落數(shù)的報(bào)告，按國家標(biāo)準(zhǔn)方法規(guī)定菌落數(shù)在1~100時(shí)，按實(shí)有數(shù)字報(bào)告，如大于100時(shí)，則報(bào)告前面兩位有效數(shù)字，第三位數(shù)按四舍五入計(jì)算。固體檢樣以克（g）為單位報(bào)告，液體檢樣以毫升（ml）為單位報(bào)告，表面涂擦則以平方厘米（cm2）報(bào)告。